Câu chuyện được lấy bối cảnh giữa thời Meiji và Taisho, bắt đầu với một người mẹ và con trai đi bộ dưới cơn mưa lớn. Người con trai, YOKI, nhìn thấy những sinh vật kỳ lạ, óng ánh trôi từ sườn núi rồi biến mất. Cậu vẫn chưa biết những sinh vật như vậy được gọi là “Mushi” và những người bình thường không thể nhìn thấy. Đột nhiên có một trận lở đất và mẹ của Yoki bị lũ lụt cuốn mất. Một người phụ nữ Mushishi tên là NUI đã tìm thấy đứa trẻ sống sót một cách kỳ diệu và đưa cậu bé về nhà.
Vài năm sau, Yoki đã trưởng thành, cậu mất trí nhớ trong sự cố lần đó, và giờ được gọi là “GINKO”. Hiện tại, cậu nghiên cứu về Mushi mà mình có thể nhìn thấy khi còn nhỏ và bảo vệ những người đàn ông bình thường khỏi những căn bệnh. Sau đó, cậu một mình băng qua vùng núi tuyết dày để tìm chỗ trọ qua đêm. Ginko tìm đường đến ngôi nhà nơi một phụ nữ trẻ tên TANYU bị ốm. Sinh ra trong một gia đình có mối liên hệ chặt chẽ với Mushi, Tanyu ghi lại những câu chuyện cổ xưa về Mushi vào cuộn giấy. Cô ngã bệnh sau khi nghe câu chuyện từ một người phụ nữ mù Mushishi. Từ đây, mở ra những điều thú vị.